Крестоносцы
В 1099 году сюда приходят крестоносцы, включают город в одно из княжеств королевства крестоносцев и снова начинается расцвет города за счет возрождения паломничества, земледелия, торговли и ремесел. Именно в период крестоносцев 1104-1106 гг. Иерихон посещает знаменитый русский паломник из Чернигова - игумен Даниил и оставляет следующие воспоминанияв своих знаменитых хождениях в Святую Землю: «Иерихон же тый был первее град велик и тверд вельми; того Иерихона Исус Навгин взял и разорил до конца; ныне же ту есть село срациньское. И ту есть дом Закхеев, и пень древа того и до ныне стоит на нь же бяше взлезл, хотя видети Христоса».
В конце XII века, крестоносцы проигрывают войну за Святую Землю мусульманам и войска знаменитого мусульманского полководца Салах-ад-Дина захватывают город. В городе сокращаются торговля, земледелие и он вновь приходит в упадок. Состав населения сменяется в основном на кочевников-бедуинов. Производство сахарного тростника прекращается полностью, дома превращаются в нищие кибитки и мазанки. С этого времени и практически до начала XIX века Иерихон остается в полном запустении. В начале XIX века на руинах города крестоносцев оседают два бедуинских клана, а в конце XIX сюда приходят нубийские арабы-мусульмане – выходцы из Судана. До сих пор можно увидеть темнокожих арабов - жителей Иерихона. В конце XIX века различные европейские христианские державы стали проявлять интерес к древнему Иерихону. В связи с новозаветными событиями здесь возникают храмы, монастыри и подворья для паломников.